一般情況下，當標準化通量下降10～15%時，或系統脫鹽率下降10～15%，或操作壓力及段間壓差升高10～15%，應清洗RO系統。清洗頻度與系統預處理程度有直接的關系，

當SDI15＜3時，清洗頻度可能為每年4次；當SDI15在5左右時，清洗頻度可能要加倍但清洗頻度取決于每一個項目現場的實際情況。